（1）森林资源：自治州境内海拔2700～3200米的高山阴坡或半阴坡地带，独特的水、土、气候条件为一些原始林木繁衍生长提供了生态环境。阿合奇、乌恰、阿克陶3县高山阴坡、高山原始森林呈片状、条状分布，主要林种有雪岭云杉、柏树、桦树、杨树、爬地柏、野生杏、核桃等。阿合奇县高山原始森林面积约7.28万亩，乌恰县高山原始森林面积约2.8万亩，阿克陶县高山原始森林面积约9.6万亩。
    全州森林资源主要由平原人工林、山区天然林、河谷次生林、荒滩灌木林组成。
    全州总面积7.24万平方公里，林业用地面积为160000公顷、其中有林地面积46383.21公顷、疏林地面积10885.55公顷，灌木林地面积107063.89公顷。活立木总蓄积量1349515立方米、林木年总生长量为51320立方米、森林覆盖率2.14%。全州林业用地以天然林为主、主要树种为云杉、圆柏、爬地柏、忍冬、小蘖等。平原人工林：主要树种构成是新疆杨、柳、榆、沙枣；经济林有杏、葡萄、桃、苹果、梨、无花果等。
   （2）旅游资源：自治州的旅游资源十分丰富，有地文景观类、水体景观类、生物景观类、古迹与建筑类、消闲健身类、购物类、民族风情类等。
    名山在自治州各类旅游资源中占有十分突出的地位，自治州地处素有“万山之祖”的帕米尔高原，自治州亦有“万山之州”之称。自治州的地文景观首推昆仑，“冰山之父”慕士塔格峰（海拔7546米），“冰山公主”公格尔峰（海拔7719米）和它的姊妹峰公格尔九别峰（海拔7530米）3座高峰，并称为“昆仑三雄”。这3座峰不但山体雄伟，而且还是现代冰川的大本营。“昆仑三雄”脚下还有3个名湖：喀拉库勒湖、布伦口湖、恰克拉克湖，并有著名的羊不拉克冰川静卧其中，喀拉库勒湖湖畔已评定为国家AA级风景区。人间仙境奥依塔克，是自治州又一处避暑、度假和考察、探险的综合旅游胜地。州境内的蚀余地貌景观也十分发育，到处有五彩缤纷的山体，景观极为奇特。
    水体景观类旅游资源主要有雪山、冰川、河流、湖泊等，其中最著名的是慕士塔格峰、公格尔峰、公格尔九别峰、喀拉库勒湖。雪山并冰峰林立，海拔5000米以上的雪山就有10多座。除此之外，水体景观最迷人的当数乌恰县托云乡克姆孜苏（柯语，意为马奶子河）和阿依浪苏（柯语，意为酸奶子河）。
    由于境内气候差异大，垂直变化更加明显，这就形成了极其丰富的生物景观，生物景观涵盖了高山、高原、盆地、荒漠、戈壁和寒带、亚寒带山地的各种生态系统，珍稀动植物资源较为丰富，共有190种植物、244种鸟类及其他动物资源。
    古迹与建筑类旅游资源中属于自治区文物保护单位的有：阿图什市苏温古城，阿克陶县的阿合图古城、斯的巴克古城，阿图什的古疏勒国都遗址，阿合奇县的乌赤故城遗址。境内有两处佛教遗址，即阿图什市上阿图什乡恰克玛克河岸悬崖峭壁上的汉代佛窟“三仙洞”，阿图什市阿扎克乡的莫尔佛塔；有苏里唐麻扎、喀喇汗王朝遗址等伊斯兰教文化遗址。除此之外，境内还有古堡遗址（大多数在阿合奇县境内），古驿站遗址（位于阿克陶县布伦口乡盖孜村），石人墓和古岩画（位于阿合奇县），坎儿井遗址（位于阿图什市阿扎克乡）。