（1）农作物概况：自治州主要粮食作物有冬麦、春麦、青稞、大麦、玉米、水稻等，截至2005年底粮食作物种植面积为46.01万亩，粮食产量达170911吨；主要经济作物有棉花、油菜、胡麻等，截至2005年底棉花种植面积为8.37万亩，油料种植面积为1.01万亩；其他农作物有蔬菜、瓜类，截至2005年底蔬菜、瓜果和其他农作物种植面积为10.21万亩。优质瓜果品种有无花果、木纳格葡萄、喀拉库塞甜瓜、石榴、巴仁杏等。
截至2005年底，主要农作物单位面积产量继续提高，粮食平均亩产372公斤比上年增加2公斤。其中小麦平均亩产为360公斤，增加4公斤；玉米平均亩产为392公斤，减少3公斤；棉花亩产为93公斤，增加3.5公斤；油料亩产95公斤，增加13公斤。
   （2）野生植物资源：州境内具有经济价值和与人类生活关系密切的野生植物种类虽多，但数量有限，由于地形复杂，加之干旱的气候特点，因此野生植物分布不集中。食用类植物主要有沙棘（分布在阿合奇县的托什干河谷）；野蔷薇果（分布在山区的针叶林下缘）；阿魏菇（分布在乌恰县）。药用植物有51科118种，其中资源量大、具有批量开发价值的有甘草、紫草、阿魏、麻黄、锁阳、芦根等。全州甘草面积14万亩，紫草面积30万亩。建材和工业原料的植物有云杉、胡杨等。饲草和蜜源植物分属50多个科200余种，代表性的有麻黄、合头草、琵琶柴、骆驼刺、针茅、冰草、驼绒藜等。珍贵植物有小沙冬青、冬青属、灌木等。新发现的物种有镱锂翠雀花和阿克陶翠雀花。
   （3）畜牧业概况：自治州主要的牲畜品种有黄牛、牦牛、驴、骆驼、山羊、绵羊等。自治州地形复杂，气候多样，地域性差异大，受地形、草场、气候及适应能力的限制各种牲畜分布不均匀。柯尔克孜族经营牧业历史悠久，在长期的牧羊过程中积累了丰富的放牧经验，培育出了适应高寒山区自然条件的柯尔克孜马、柯尔克孜羊和苏巴什大尾羊。除此之外，截至2000年底，先后引进了黑白花牛、西门塔尔牛、陕西关中驴、辽宁绒山羊、陕西奶山羊、麦盖提山羊、阿斯卡尼亚种羊、中国美利奴新疆型细毛羊、塔什库尔干大尾羊、阿勒泰大尾羊和阿克苏绵羊。截至2005年底，牲畜存栏数155.99万头（只），肉类总产量27130吨，增长13.1%，奶类产量24798吨，增长5%。继续提高改良技术和改善繁殖条件，使牲畜繁殖成活率上升，牲畜繁殖成活数100.4万头（只），繁殖成活率达95%以上。
   （4）野生动物资源：自治州的爬行动物约有10余种，国家保护的鸟类有10余种，哺乳类动物有45种。属于国家一类保护动物的有黑鹳、白鹳、雪豹、巨蜥、金雕、大鸨、小鸨、玉带海雕、北山羊、草原雕。国家二类保护动物猞猁、盘羊、高山雪鸡、游隼、疣鼻天鹅、蓑羽鹤、藏雪鸡、石貂、雕鸮、雪鸮、纵腹小鸮、长耳鸮、短耳鸮、环颈雉、秃鹫等。除此之外，还有国内稀有鸟类——红胸鸲。除此之外，还有国内稀有鸟类---红胸鸲。
   （5）鱼类资源：自治州地处高寒山区，水域面积小，河流落差大，故鱼类资源比较贫乏，种类少，产量低。全州共有鱼类1目、2科、10种，主要分布在托什干河、博古孜河、克孜勒苏河、盖孜河。从鱼类组成特征来看，鱼类均属终生存于河湖内的鱼类。